La zona que ocupa actualmente Puerto Escondido no fue habitada por los grupos indígenas en la época prehispánica ni por españoles durante la colonia, sin embargo la bahía del puerto era conocida en un principio como la Bahía de la mujer oculta, y más tarde como la Bahía de la Escondida. Se cuenta la leyenda de que el pirata Andrew Drake, supuesto hermano de Sir Francis Drake (1543-1596), ancló su barco en la bahía cuando el área estaba deshabitada por completo, para descansar durante unos días. Algunas semanas antes, él y su tripulación, secuestraron a una joven mixteca. Sin embargo, la mujer logró escapar de la cabina en la que se encontraba atrapada y saltó por la borda para llegar a la orilla, donde más tarde se escondería en la selva, muy lejos de la playa. Los piratas, al darse cuenta intentaron encontrarla. Con el tiempo comenzaron a referirse a la mujer como "La Escondida", por ello, supuestamente, bautizaron a la bahía como la de "La Escondida".A principios del siglo XX, Puerto Escondido era conocido como Punta Escondida. En ese momento, era sólo un pequeño pueblo de pescadores, cuyo puerto se utilizaba para la exportación del café.No hubo una ciudad propiamente sino hasta la década de 1930, cuando la actividad de Puerto Escondido como un puerto comercial fue sólidamente establecida.
Actualmente, Puerto Escondido es uno de los lugares turísticos más importantes en la costa oaxaqueña.
Actualmente, Puerto Escondido es uno de los lugares turísticos más importantes en la costa oaxaqueña.